電車でGO！、電車でGO！２高速編で採用した路線を活かしつつ、あらゆる面でブラッシュアップし”プロ仕様”に熟成させた超大作が本作品「電車でGO！プロフェッショナル仕様」である。1999年にPS版で発売され、その後2001年6月にWindows版に移植、 その後2004年9月17日に1980円の本格的シリーズで再リリースされた。

　シリーズ屈指のボリュームで、路線だけでも秋田・東北新幹線、山手線、京浜東北線、東海道線、嵯峨野線（山陰本線）、京都線といった従来作品の再収録はもちろんのこと、ほくほく線については六日町〜越後湯沢の上越線区間まで延長した。また、大阪環状線（大阪〜天王寺）と鹿児島本線（博多〜小倉）を新たに追加し、全部でなんと10路線、62車両、85列車を収録している。

　グラフィックも強化され、夕方には空が赤く染まり、悪天候についても従来の雨や雪だけでなく雷雨の様子まで再現し、今までにないシチュエーションでの運転を楽しむことができる。シリーズ初※1の夜間運転も実現、対向車両が暗闇の中からライトを光らせて登場する。
※1 PS版発売当時
　ただ、電車でGO！、電車でGO！２高速編のWindows移植時のような高精細化がなされていないのは残念。画像は全体的に粗く、速度計などはデカデジ表示にしないと速度を正しく読み取るのが難しいくらいだ。まあ、これだけ盛りだくさんの内容をCD-ROM1枚に収めるわけだから、仕方ない面もあるだろう。

　色灯式信号の路線では、画面左側にガイドが表示され、先の信号や速度制限を読み取ることができるので格段に運転しやすくなったと言える。また、山手線と京浜東北線でATC（自動列車制御装置）を再現し、本来の運転システムに一歩近づけた。 ただし、本作品で再現しているATCは、次の現示速度が点滅で予告されている間に自分でブレーキをかけて減速しなければならず、ATC自身のブレーキ動作をさせると減点される仕組みになっており、現実のATCとは考え方が異なることに留意したい。さらに、ATCの路線ではガイド表示もないので、いきなり信号現示が変わって減速が間に合わないことも多々あり、攻略のためにはATCの信号パターンをある程度覚える必要があるだろう。

　このゲームで筆者が最も良いと思った点は、クリアしていくごとに運転できるダイヤがどんどん増えていくことである。1つのダイヤをクリアするたびに、どれかの路線でダイヤが追加されていないか思わず楽しみにチェックしてしまう。最初からいかにも隠しダイヤがあるかのような「？？？」の表示があるよりも、本作品のようにさりげなく増えている方が個人的には断然面白いと思う。
　各ダイヤの難易度は●の数で5段階表示されている。●3つまでであればある程度ゲームの経験を積んでいる人ならだいたいクリアできるだろう。●4つ以上になると、早着に対するペナルティが厳しくなる上に2秒ずつ減点されていくので1回目のプレイで攻略するのは難しい。速度制限や信号パターン、車両の加減速特性、そして攻略のためのランカーブを習得する必要がある。通過駅の場合は、速度と距離の関係から通過までの時間を感覚的に割り出して速度調整するスキルも身につけたい。

　あり得ない急カーブや現実とは異なる信号システムなど、従来作品同様の不満が残って相変わらず突っ込みどころが満載だが、クリアしていく喜びを味わうことのできる、ゲーム性としては大成功の内容に仕上がっていると評価したい。

（C）UNBALANCE，TAITO CORPORATION
山手線、京浜東北線ではATCを再現している。

（C）UNBALANCE，TAITO CORPORATION
今回新たに収録された大阪環状線。西九条のアナウンスで言ってる「阪神西九条線」は「阪神西大阪線（現在の阪神なんば線）」の間違い。

（C）UNBALANCE，TAITO CORPORATION
クリアしていくと運転できるダイヤが増えていくのは嬉しい。追加されたダイヤは「NEW」表示される。